POWER 5.2

Budynek nr 1 Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego przy ul. Dębinki 7 w Gdańsku, widziany z lotu ptaka

POWER 5.2

Logo funduszy europejskich, polski i unii europejskiej

 

Głównym celem projektu “Poprawa efektywności funkcjonowania systemu ochrony zdrowia poprzez szkolenia pracowników administracyjnych oraz kadry zarządzającej w sektorze ochrony zdrowia przez Gdański Uniwersytet Medyczny” jest poprawa wiedzy i podnoszenie kwalifikacji:

  • pracowników administracyjnych podmiotów leczniczych oraz kadry zarządzającej w sektorze ochrony zdrowia
  • podnoszenie wiedzy przez inne podmioty zaangażowane w działalność podmiotów leczniczych tj. pracowników płatnika – NFZ oraz pracowników organów założycielskich podmiotów leczniczych (jednostek samorządu terytorialnego, uczelni medycznych, ministerstw, centralnych organów administracji rządowej i urzędów wojewódzkich)
  • stałe podnoszenie wiedzy m.in. w zakresie przepisów prawa finansowego, zasad funkcjonowania ochrony zdrowia i finansowania świadczeń opieki zdrowotnej, zasad sprawozdawczości dotyczącej ww. świadczeń dla NFZ. Ważne jest także doskonalenie umiejętności z zakresu porozumiewania się z pacjentem, rodziną chorego oraz współpracownikami.

Osoby upoważnione do udziału w kształceniu:

  • pracownicy pionów administracyjnych podmiotów leczniczych, np. rejestratorki/rejestratorzy, księgowe, specjaliści ds. zamówień publicznych,
  • kadra zarządzająca podmiotami leczniczymi, np. dyrektorzy, managerowie ochrony zdrowia,
  • kadra medyczna posiadająca w zakresie swoich obowiązków funkcje administracyjne, np. ordynatorzy, pielęgniarki oddziałowe,
  • pracownicy Narodowego Funduszu Zdrowia,
  • pracownicy organów założycielskich podmiotów leczniczych tj. jednostek samorządu terytorialnego, uczelni medycznych (pracownicy administracyjni), ministerstw, urzędów wojewódzkich, centralnych urzędów administracji rządowej (uczestnikami mogą być wyłącznie pracownicy komórek organizacyjnych odpowiedzialnych za nadzór nad utworzonymi przez ten organ podmiotami leczniczymi),
  • konsultanci krajowi i wojewódzcy.
     

Uwaga: Pracownicy zatrudnieni w jednym miejscu pracy (u jednego pracodawcy) stanowią nie więcej niż 20% uczestników jednej formy kształcenia w ramach tego samego projektu. 
2 tygodnie przed terminem szkolenia należy dostarczyć komplet dokumentów, w tym Zaświadczenie o zatrudnieniu.

Centrum Wsparcia Badań Klinicznych

Centrum Wsparcia Badań Klinicznych banner

Centrum Wsparcia Badań Klinicznych GUMed

Centrum Wsparcia Badań Klinicznych GUMed (CWBK-GUMed) jest jednostką ogólnouczelnianą, podległą Rektorowi GUMed, której zadaniem jest kompleksowe wsparcie badań klinicznych prowadzonych przez Uczelnię. CWBK-GUMed koordynuje, wspiera i obsługuje realizację akademickich badań niekomercyjnych, a także projektów badawczych finansowanych ze środków przyznawanych w trybie konkursowym przez Agencję Badań Medycznych i inne instytucje finansujące niekomercyjne badania kliniczne. Docelowo CWBK-GUMed będzie również wspierać i koordynować komercyjne badania kliniczne prowadzone przez partnerów Uczelni.

CWBK-GUMed konsoliduje działania zmierzające do wypracowania ścieżek poprawiających jakość badań klinicznych oraz zwiększających dostępność pacjentów do nowych terapii i schematów leczenia. Ważnym obszarem działań CWBK-GUMed jest funkcja Akademickiego CRO, którego zadaniem jest obsługa niekomercyjnych badań akademickich prowadzonych przez GUMed, a docelowo również współpraca z innymi podmiotami pełniącymi rolę sponsorów w niekomercyjnych i komercyjnych badaniach klinicznych.

Centrum uczestniczy w przedsięwzięciach integrujących aktywność naukową i kliniczną Uczelni, partycypując w działaniach mających podnieść jakość klinicznych projektów naukowych realizowanych przez pracowników GUMed. CWBK_GUMed jest jednostką wspierającą wszelkie inicjatywy naukowe mające formę badań klinicznych, również tych realizowanych z partnerami krajowymi i międzynarodowymi. Kierownikiem Centrum jest prof. dr hab. Piotr Widłak.

CWBK-GUMed jest częścią Multidyscyplinarnego Centrum Wsparcia Badań Klinicznych GUMed-UCK-UCS (MCWBK GUMed-UCK-UCS), współtworzonego przez jednostki partnerskie w Uniwersyteckim Centrum Klinicznym i Uniwersyteckim Centrum Stomatologicznym GUMed.

Logo Multidyscyplinarnego Centrum Wsparcia Badań Klinicznych

Utworzenie MCWBK GUMed-UCK-UCS związane jest z programem Agencji Badań Medycznych, którego celem jest stworzenie w Polsce Sieci Centrów Wsparcia Badań Klinicznych. Sieć ta umożliwi wprowadzenie jednolitego standardu realizacji badań, wysokiej jakości obsługi pacjentów oraz zwiększenie liczby komercyjnych i niekomercyjnych badań klinicznych. Dzięki temu możliwe będzie podniesienie standardów jakości badań klinicznych, na wzór standardów i struktur istniejących w innych krajach Europy, w polskich ośrodkach klinicznych uczestniczących w Programie. Ośrodki takie staną się flagowymi instytucjami w ochronie zdrowia prowadzącymi badania o najwyższym standardzie i z troską o bezpieczeństwo uczestników badań.

Gdański Uniwersytet Medyczny, w partnerstwie z Uniwersyteckim Centrum Klinicznym (UCK)Uniwersyteckim Centrum Stomatologicznym GUMed (UCS), jest beneficjentem pierwszego konkursu ABM w programie Centrów Wsparcia Badań Klinicznych (wraz z 9 innymi ośrodkami akademickimi i medycznymi instytutami badawczymi). Projekt Multidyscyplinarne Centrum Wsparcia Badań Klinicznych przy GUMed-UCK (MCWBK) [2020/ABM/03/00026] uzyskał ponad 10 mln zł dofinansowania z Agencji Badań Medycznych, które umożliwi stworzenie niezbędnej infrastruktury i rozwój kadry Centrum. Projekt MCWBK realizowany będzie w latach 2021-2026.

Docelowe funkcjonowanie MCWBK GUMed-UCK-UCS w strukturach GUMed i wielospecjalistycznego szpitala klinicznego UCK stworzy unikatowy w skali europejskiej ośrodek prowadzący badania nad nowymi strategiami terapeutycznych i metodami diagnostyki. Jednym z głównych celów działań prowadzonych przez MCWBK GUMed-UCK-UCS we współpracy z Ośrodkiem Badań Klinicznych Wczesnych Faz i nowo powstającym centrum badań klinicznych w dziedzinie kardiologii będzie opracowywanie nowoczesnych, niestosowanych do tej pory terapii zabiegowych i farmakologicznych. Utworzenie MCWBK GUMed-UCK-UCS przyczyni się również do zwiększenia kompetencji zespołów badawczych i co za tym idzie podniesienia kwalifikacji pracowników naukowych i doktorantów. W ramach MCWBK GUMed-UCK-UCS powstanie Zespół rozwoju badań klinicznych i naukowych, który już na etapie tworzenia koncepcji naukowej będzie wspierał badaczy w zakresie planowania i realizacji badań klinicznych oraz eksperymentów medycznych. Działalność MCWBK GUMed-UCK-UCS będzie więc wspomagała działania GUMed jako uczelni badawczej.

Centrum Badań Klinicznych Wczesnych Faz

Budynek nr 1 Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego przy ul. Dębinki 7 w Gdańsku, widziany z lotu ptaka

Centrum Badań Klinicznych Wczesnych Faz (CBKWF)

Centrum Badań Klinicznych Wczesnych Faz powstało w oparciu o strukturę Ośrodka Badań Klinicznych Wczesnych Faz. Działalność CBKWF ma na celu prowadzenie badań klinicznych na wczesnym etapie rozwoju innowacyjnych terapii, zwłaszcza w Priorytetowych Obszarach Badawczych Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego, określonych w Programie „Inicjatywa Doskonałości – Uczelnia Badawcza”. Powyższe badania naukowe oceniają bezpieczeństwo i skuteczność terapii w wielu obszarach terapeutycznych, w szczególności onkologicznych, hematologicznych, kardiologicznych, neurologicznych i chorób tkanki łącznej. Badania I/II fazy w CBKWF obejmują m.in. projekty typu first-in-human z eskalacją dawki, interakcje międzylekowe, interakcje z pożywieniem, bezpieczeństwo kardiologiczne, ścisłe monitorowania farmakokinetyki/farmakodynamiki.

 

Prawidłowe przeprowadzenie badań wczesnych faz wymaga pracy całego zespołu badawczego z zachowaniem wysokich standardów jakości i międzynarodowych zasad Dobrej Praktyki Klinicznej opracowanych przez Międzynarodową Konferencję ds. Harmonizacji. Personel CBKWF posiada certyfikaty dobrej praktyki klinicznej (GCP), IATA oraz przeszedł szkolenie z zaawansowanych zabiegów resuscytacyjnych. Badania prowadzone w ramach CBKWF są regularnie monitorowane przez przedstawicieli sponsorów badań oraz krajowe i zagraniczne instytucje powołane do tego celu.

Centrum, powołane z inicjatywy prof. Jacka Jassema, działa na rzecz merytorycznego wzmocnienia zespołów badawczych jednostek GUMed poprzez wsparcie procesu budowania doskonałości naukowej oraz międzynarodowej pozycji Uczelni. Działalność naukowo-badawcza CBKWF obejmuje planowanie badań klinicznych na podstawie danych podchodzących z badań przedklinicznych oraz dostępnych danych klinicznych dotyczących produktów farmaceutycznych i leków, a także konsultacje w zakresie przygotowania i współudział w realizacji badań wczesnych faz z partnerami zewnętrznymi, w tym w szczególności z przedstawicielami przemysłu farmaceutycznego, innymi uczelniami i akademickimi grupami badawczymi. Centrum prowadzi również badania translacyjne w zakresie optymalizacji metod diagnostycznych medycyny spersonalizowanej. Działalność CBKWF obejmuje również kształcenie studentów, doktorantów oraz kadry GUMed.

CBKWF nawiązało współpracę międzynarodową z licznymi instytucjami zagranicznymi (m. in. Szpital Uniwersytecki Charite w Berlinie, Szpital Uniwersytecki w Lozannie, Szpital Onkologiczny im. Princess Margaret w Toronto) oraz partnerami z krajowego i zagranicznego przemysłu farmaceutycznego.

Zespół Centrum:

  • prof. Rafał Dziadziuszko
  • prof. Jacek Jassem
  • dr Zofia Specht-Szwoch
  • mgr Klaudia Dzieciuch
  • lek. Magdalena Błaszkowska
  • Małgorzata Biedrzycka
  • Marcin Mróz

Kontakt


prof. Rafał Dziadziuszko

 

dr Zofia Specht-Szwoch

Telefon - numer telefonu

58 584 44 17

Centrum Analiz Biostatystycznych i Bioinformatycznych

Centrum Analiz Biostatystycznych i Bioinformatycznych banner

Centrum Analiz Biostatystycznych i Bioinformatycznych

Zapraszamy na bezpłatne konsultacje i analizy z CABiB!

Centrum Analiz Biostatystycznych i Bioinformatycznych (CABiB) oferuje naukowcom Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego bezpłatne wsparcie w zakresie biostatystyki, bioinformatyki oraz sztucznej inteligencji. Skorzystaj z konsultacji z naszymi ekspertami lub zamów specjalistyczną analizę – całkowicie bez opłat, w ramach limitu do 50 godzin pracy specjalisty.

Dlaczego warto?

  • Profesjonalne doradztwo i wsparcie merytoryczne
     
  • Indywidualne podejście do Twoich potrzeb badawczych
     
  • Bezpłatne analizy dostosowane do Twojego projektu
     
  • CABiB to miejsce, w którym nowoczesne technologie wspierają naukę – dołącz do nas i skorzystaj z naszego doświadczenia!

Centrum Analiz Biostatystycznych i Bioinformatycznych – kim jesteśmy

Centrum Analiz Biostatystycznych i Bioinformatycznych to nowe core facility powstałe w Gdańskim Uniwersytecie Medycznym. Misją Centrum jest ułatwienie prac zespołów badawczych poprzez podniesienie doskonałości naukowej publikowanych rezultatów. Kluczowym obszarem działania core facility jest wsparcie procesu badań naukowych i badań klinicznych w zakresie biostatystyki i bioinformatyki, szczególnie w kontekście Priorytetowych Obszarów Badawczych, realizowanych w ramach programu „Inicjatywa Doskonałości – Uczelnia Badawcza”. Centrum zatrudnia biostatystyków i bioinformatyków, których praca ma na celu wzmocnienie interdyscyplinarności w badaniach prowadzonych w GUMed.

Core facility oferuje szeroki zakres usług związanych z szeroko rozumianą analizą biostatystyczną i bioinformatyczną oraz analizą big data w ramach Kliniki Biostatystycznej oraz Kliniki Bioinformatycznej. Do profilu działalności zalicza się przede wszystkim wsparcie przy projektach bazujących na wysokoprzepustowym sekwencjonowaniu DNA oraz RNA (w tym analiza pojedynczych komórek), a także innych inicjatywach naukowych, które wymagają przetwarzania dużej ilości danych. Dodatkowo, działalność Centrum będzie obejmowała wykorzystanie sztucznej inteligencji w przetwarzaniu danych obrazowania i klasyfikacji próbek pochodzących od pacjentów. Umożliwia to zaawansowana infrastruktura komputerowa, stwarzająca przestrzeń dla prowadzenia przełomowych badań naukowych, opartych o wyrafinowane obliczenia.

W warstwie technicznej, wysokiej jakości analiza biostatystyczna i bioinformatyczna pozwala na ekstrakcję maksymalnej ilości obiektywnej informacji, co finalnie przekłada się na wysoką jakość pracy badawczej. W tym duchu Centrum w szczególny sposób kładzie nacisk na wysoką jakość procesów obliczeniowych, zwiększając w ten sposób przepustowość projektową GUMed.

Efektywne prowadzenie zaawansowanych badań naukowych umożliwia struktura ułatwiająca kompleksowe gromadzenie i przetwarzanie danych biostatystycznych, bioinformatycznych oraz obrazowania klinicznego. Taka struktura zapewnia zaawansowane narzędzia przetwarzania danych, które ułatwiają właściwe projektowanie projektów badawczych. Dzięki profesjonalnej analizie biostatystycznej i bioinformatycznej zaś umożliwia i znacznie przyśpiesza ich kompleksową realizację.

 

 

 

Zakres usług

Ogólny zarys świadczonych usług

Centrum Obliczeniowe jest jednostką naukową zapewniającą wszechstronne wsparcie pracowników naukowych w planowaniu, projektowaniu, zarządzaniu oraz raportowaniu projektów naukowych związanych z badaniami klinicznymi, epidemiologicznymi oraz laboratoryjnymi.

Uprzejmie informujemy, iż Gdański Uniwersytet Medyczny jest w posiadaniu nielimitowanej jednostanowiskowej licencji oprogramowania SPSS dla systemu operacyjnego Windows. Osoby zainteresowane uzyskaniem szczegółowych informacji zapraszamy do kontaktu z Centrum Analiz Biostatystycznych i Bioinformatycznych.

Centrum Analiz Biostatystycznych i Bioinformatycznych posiada również prawo do użytkowania programu GraphPad Prism i udostępnia go dla kadry naukowej i pracowników Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego. Oprogramowanie to nie tylko ułatwia przeprowadzanie zaawansowanych analiz, ale także pozwala na prezentację wyników w przejrzysty i profesjonalny sposób, co jest kluczowe przy publikowaniu wyników badań. W celu uzyskania instrukcji instalacji oraz klucza licencyjnego zapraszamy do kontaktu na nasz adres mailowy centrum.obliczeniowe@gumed.edu.pl. Liczba dostępnych licencji jest ograniczona.

Zespół Centrum Obliczeniowego przygotował również Poradnik tworzenia bazy danych do analizy biostatystycznej. Publikacja ma na celu ułatwienie naukowcom przygotowania bazy danych do profesjonalnej analizy oraz wskazuje badaczom, w jaki sposób zapisywać otrzymywane wyniki, by były one czytelne i zrozumiałe. Pełen tekst Poradnika dostępny jest w Extranecie.

Obszary współpracy:

  • projekty grantowe: zaprojektowanie badania naukowego oraz zaplanowanie analiz biostatystycznych (analiza wielkości próby/mocy testów statystycznych, propozycja oraz opis metodologii statystycznej) i bioinformatycznych (dobór ilości próbek oraz wymaganej głębokości sekwencjonowania, opis metodologii),
  • publikacje/abstrakty naukowe: opis metodologii, analiza postawionych pytań badawczych, opis oraz interpretacja wyników, przedstawienie wyników w formie graficznej i tabelarycznej (zgodnie z wymaganiami czasopisma naukowego),
  • recenzje naukowe: ustosunkowanie się do pytań/sugestii recenzentów związanych z analizą statystyczną oraz bioinformatyczną,
  • dane medyczne: zaprojektowanie oraz zarządzanie bazą danych, czyszczenie danych, utrzymywanie jakości danych,
  • konsultacje biostatystyczne i bioinformatyczne: edukowanie w projektowaniu badań naukowych, udzielanie rad dotyczących zbierania i zarządzania danymi, wspieranie w doborze metod statystycznych, pomoc w interpretacji wyników oraz w procesie oceny jakości publikacji naukowych.

 

Szczegółowy opis świadczonych usług

Centrum świadczy szeroki zakres kompleksowych usług z zakresu zaawansowanej analizy biostatystycznej i bioinformatycznej. Usługi oferowane są przede wszystkim naukowcom prowadzącym badania kliniczne, epidemiologiczne, populacyjne, badania molekularne oraz translacyjne. Techniki obliczeniowe oferowane przez Centrum zebrano na liście udostępnionej poniżej.

Centrum oferuje bezpłatną pierwszą godzinę konsultacji w zakresie analiz biostatystycznych, analiz bioinformatycznych oraz wykorzystania sztucznej inteligencji do analizy danych eksperymentalnych. Na późniejszym etapie koszt usługi wyceniany jest indywidualnie.

Formularz kontaktowy.

Nasze publikacje

  1. Elevated expression of complement factor I in lung cancer cells associates with shorter survival- Potentially via non-canonical mechanism
    Felberg A, Bieńkowski M, Stokowy T, Myszczyński K, Polakiewicz Z, Kitowska K, Sądej R, Mohlin F, Kuźniewska A, Kowalska D, Stasiłojć G, Jongerius I, Spaapen R, Mesa-Guzman M, Montuenga LM, Blom AM, Pio R, Okrój M. Transl Res. 2024 Jul;269:1-13. doi: 10.1016/j.trsl.2024.02.003. Epub 2024 Feb 22. PMID: 38395390
  2. Immune escape of B-cell lymphoblastic leukemic cells through a lineage switch to acute myeloid leukemia
    Bełdzińska-Gądek, K., Zarzycka, E., Pastuszak, K., Borman, K., Lewandowski, K., Zaucha, J. M., & Prejzner, W. Leukemia & Lymphoma, (2024), 1–11. doi.org/10.1080/10428194.2024.2351194. Epub ahead of print. PMID: 38775354
  3. Detection of circulating tumor cells by means of machine learning using Smart-Seq2 sequencing
    Pastuszak K, Sieczczyński M, Dzięgielewska M, Wolniak R, Drewnowska A, Korpal M, Zembrzuska L, Supernat A, Żaczek AJ. Sci Rep. 2024 May 14;14(1):11057. doi: 10.1038/s41598-024-61378-8. PMID: 38744942; PMCID: PMC11094170
  4. Dissection of an impact of VDR and RXRA on the genomic activity of 1,25(OH)2D3 in A431 squamous cell carcinoma
    Olszewska AM, Nowak JI, Myszczynski K, Słominski A, Żmijewski MA. Mol Cell Endocrinol. 2024 Mar 1;582:112124. doi: 10.1016/j.mce.2023.112124. Epub 2023 Dec 19. PMID: 38123121; PMCID: PMC10872374
  5. Deep Learning-Based, Multiclass Approach to Cancer Classification on Liquid Biopsy Data
    Jopek MA, Pastuszak K, Cygiert S, Best MG, Wurdinger T, Jassem J, Żaczek AJ, Supernat A. IEEE Journal of Translational Engineering in Health and Medicine, vol. 12, pp. 306-313, 2024, Jan; doi: 10.1109/JTEHM.2024.3360865.
  6. PDIA3 modulates genomic response to 1,25-dihydroxyvitamin D3 in squamous cell carcinoma of the skin
    Nowak JI, Olszewska AM, Piotrowska A, Myszczyński K, Domżalski P, Żmijewski MA. Steroids. 2023 Nov;199:109288. doi: 10.1016/j.steroids.2023.109288. Epub 2023 Aug 5. PMID: 37549780
  7. Longitudinal drug synergy assessment using convolutional neural network image-decoding of glioblastoma single- spheroid cultures
    Giczewska A, Pastuszak K, Houweling M, Abdul KU, Faaij N, Wedekind L, Noske D, Wurdinger T, Supernat A, Westerman BA. Neurooncol Adv. 2023 Nov 5;5(1):vdad134. doi: 10.1093/noajnl/vdad134. PMID: 38047207; PMCID: PMC10691443
  8. Metabolomics Meets Clinics: A Multivariate Analysis of Plasma and Urine Metabolic Signatures in Pulmonary Arterial Hypertension
    Wawrzyniak R, Grešner P, Lewicka E, Macioszek S, Furga A, Zieba B, J Markuszewski M, Da Browska-Kugacka A. J Proteome Res. 2023 Oct 12. doi: 10.1021/acs.jproteome.3c00255. Epub ahead of print. PMID: 37827514
  9. Long-term mortality after transcatheter aortic valve implantation for aortic stenosis in immunosuppression-treated patients: a propensity-matched multicentre retrospective registry-based analysis
    Walczewski M, Gąsecka A, Witkowski A, Dabrowski M, Huczek Z, Wilimski R, Ochała A, Parma R, Rymuza B, Grygier M, Jemielity M, Olasińska-Wiśniewska A, Jagielak D, Targoński R, Pastuszak K, Grešner P, Grabowski M, Kochman J. Postepy Kardiol Interwencyjnej. 2023 Sep;19(3):251-256. doi: 10.5114/aic.2023.131478. Epub 2023 Sep 27. PMID: 37854972; PMCID: PMC10580841
  10. Platelet RNA enables accurate detection of ovarian cancer: an intercontinental, biomarker identification study
    Gao Y, Liu CJ, Li HY, Xiong XM, Li GL, In ‘t Veld SGJG, Cai GY, Xie GY, Zeng SQ, Wu Y, Chi JH, Liu JH, Zhang Q, Jiao XF, Shi LL, Lu WR, Lv WG, Yang XS, Piek JMJ, de Kroon CD, Lok CAR, Supernat A, Łapińska-Szumczyk S, Łojkowska A, Żaczek AJ, Jassem J, Tannous BA, Sol N, Post E, Best MG, Kong BH, Xie X, Ma D, Wurdinger T, Guo AY, Gao QL. Protein Cell. 2023 Jun 7;14(6):579-590. doi: 10.1093/procel/pwac056. PMID: 36905391; PMCID: PMC10246718.
  11. Screening of predicted synergistic multi-target therapies in glioblastoma identifies new treatment strategies
    Houweling M, Giczewska A, Abdul K, Nieuwenhuis N, Küçükosmanoglu A, Pastuszak K, Buijsman RC, Wesseling P, Wedekind L, Noske D, Supernat A, Bailey D, Watts C, Wurdinger T, Westerman BA. Neurooncol Adv. 2023 Jun 13;5(1):vdad073. doi: 10.1093/noajnl/vdad073. PMID: 37455945; PMCID: PMC10347974.
  12. Tamoxifen decreases ovarian toxicity without compromising cancer treatment in a rat model of mammary cancer
    Nynca A, Swigonska S, Ruszkowska M, Sadowska A, Orlowska K, Molcan T, Myszczynski K, Otrocka-Domagala I, Paździor-Czapula K, Kurowicka B, Petroff BK, Ciereszko RE. BMC Genomics. 2023 Jun 13;24(1):325. doi: 10.1186/s12864-023-09423-0. PMID: 37312040; PMCID: PMC10265842
  13. Platelet-Based Liquid Biopsies through the Lens of Machine Learning
    Cygert S, Pastuszak K, Górski F, Sieczczyński M, Juszczyk P, Rutkowski A, Lewalski S, Różański R, Jopek MA, Jassem J, Czyżewski A, Wurdinger T, Best MG, Żaczek AJ, Supernat A. Cancers (Basel). 2023 Apr 17;15(8):2336. doi: 10.3390/cancers15082336. PMID: 37190262; PMCID: PMC10136732
  14. Plasma Proteomics Unveil Novel Immune Signatures and Biomarkers upon SARS-CoV-2 Infection
    Urbiola-Salvador V, Lima de Souza S, Grešner P, Qureshi T, Chen Z. Int J Mol Sci. 2023 Mar 27;24(7):6276. doi: 10.3390/ijms24076276. PMID: 37047248; PMCID: PMC10093853
  15. Efficacy of intralesional bleomycin in treatment resistant viral warts
    Sławińska, Martyna, Jakub Żółkiewicz, Krzysztof Pastuszak, Klaudia Zawadzka, Monika Sikorska, Roman J Nowicki, and Michał Sobjanek. Dermatol Rev/Przegl Dermatol 2022, 109 (4): 272-290. doi:10.5114/dr.2022.123983
  16. Super-Mitobarcoding in Plant Species Identification? It Can Work! The Case of Leafy Liverworts Belonging to the Genus Calypogeia
    Ślipiko M, Myszczyński K, Buczkowska K, Bączkiewicz A, Sawicki J. Int J Mol Sci. 2022 Dec 8;23(24):15570. doi: 10.3390/ijms232415570. PMID: 36555212; PMCID: PMC9779425
  17. Pathway-level mutation analysis in primary high-grade serous ovarian cancer and matched brain metastases
    Duchnowska R, Supernat AM, Pęksa R, Łukasiewicz M, Stokowy T, Ronen R, Dutkowski J, Umińska M, Iżycka-Świeszewska E, Kowalczyk A, Och W, Rucińska M, Olszewski WP, Mandat T, Jarosz B, Bieńkowski M, Biernat W, Jassem J. Sci Rep. 2022 Nov 29;12(1):20537. doi: 10.1038/s41598-022-23788-4. PMID: 36446793; PMCID: PMC9708673.
  18. Insights into adaptive evolution of plastomes in Stipa L.
    Krawczyk K, Myszczyński K, Nobis M, Sawicki J. BMC Plant Biol. 2022 Nov 14;22(1):525. doi: 10.1186/s12870-022-03923-z. PMID: 36372890; PMCID: PMC9661759
  19. Detection and localization of early- and late-stage cancers using platelet RNA
    In ‘t Veld SGJG, Arkani M, Post E, Antunes-Ferreira M, D’Ambrosi S, Vessies DCL, Vermunt L, Vancura A, Muller M, Niemeijer AN, Tannous J, Meijer LL, Le Large TYS, Mantini G, Wondergem NE, Heinhuis KM, van Wilpe S, Smits AJ, Drees EEE, Roos E, Leurs CE, Tjon Kon Fat LA, van der Lelij EJ, Dwarshuis G, Kamphuis MJ, Visser LE, Harting R, Gregory A, Schweiger MW, Wedekind LE, Ramaker J, Zwaan K, Verschueren H, Bahce I, de Langen AJ, Smit EF, van den Heuvel MM, Hartemink KJ, Kuijpers MJE, Oude Egbrink MGA, Griffioen AW, Rossel R, Hiltermann TJN, Lee- Lewandrowski E, Lewandrowski KB, De Witt Hamer PC, Kouwenhoven M, Reijneveld JC, Leenders WPJ, Hoeben A, Verdonck-de Leeuw IM, Leemans CR, Baatenburg de Jong RJ, Terhaard CHJ, Takes RP, Langendijk JA, de Jager SC, Kraaijeveld AO, Pasterkamp G, Smits M, Schalken JA, Łapińska-Szumczyk S, Łojkowska A, Żaczek AJ, Lokhorst H, van de Donk NWCJ, Nijhof I, Prins HJ, Zijlstra JM, Idema S, Baayen JC, Teunissen CE, Killestein J, Besselink MG, Brammen L, Bachleitner-Hofmann T, Mateen F, Plukker JTM, Heger M, de Mast Q, Lisman T, Pegtel DM, Bogaard HJ, Jassem J, Supernat A, Mehra N, Gerritsen W, de Kroon CD, Lok CAR, Piek JMJ, Steeghs N, van Houdt WJ, Brakenhoff RH, Sonke GS, Verheul HM, Giovannetti E, Kazemier G, Sabrkhany S, Schuuring E, Sistermans EA, Wolthuis R, Meijers- Heijboer H, Dorsman J, Oudejans C, Ylstra B, Westerman BA, van den Broek D, Koppers-Lalic D, Wesseling P, Nilsson RJA, Vandertop WP, Noske DP, Tannous BA, Sol N, Best MG, Wurdinger T. Cancer Cell. 2022 Sep 12;40(9):999-1009.e6. doi: 10.1016/j.ccell.2022.08.006. Epub 2022 Sep 1. PMID: 36055228
  20. Significance of Dermoscopy in Association with Clinical Features in Differentiation of Basal Cell Carcinoma and Benign Trichoblastic Tumours
    Sławińska M, Płaszczyńska A, Lakomy J, Pastuszak K, Biernat W, Sikorska M, Nowicki RJ, Sobjanek M. Cancers (Basel). 2022 Aug 17;14(16):3964. doi: 10.3390/cancers14163964. PMID: 36010957; PMCID: PMC9406107
  21. Breaking the limits – multichromosomal structure of an early eudicot Pulsatilla patens mitogenome reveals extensive RNA-editing, longest repeats and chloroplast derived regions among sequenced land plant mitogenomes
    Szandar K, Krawczyk K, Myszczyński K, Ślipiko M, Sawicki J, Szczecińska M. BMC Plant Biol. 2022 Mar 9;22(1):109. doi: 10.1186/s12870-022-03492-1. PMID: 35264098; PMCID: PMC8905907
  22. Breast cancer circulating tumor cells with mesenchymal features-an unreachable target?
    Topa J, Grešner P, Żaczek AJ, Markiewicz A. Cell Mol Life Sci. 2022 Jan 20;79(2):81. doi: 10.1007/s00018-021-04064-6. PMID: 35048186; PMCID: PMC8770434
  23. Diagnostic Accuracy of Liquid Biopsy in Endometrial Cancer
    Łukasiewicz M, Pastuszak K, Łapińska-Szumczyk S, Różański R, Veld SGJGI’, Bieńkowski M, Stokowy T, Ratajska M, Best MG, Würdinger T, Żaczek AJ, Supernat A, Jassem J. Cancers (Basel). 2021 Nov 16;13(22):5731. doi: 10.3390/cancers13225731. PMID: 34830891; PMCID: PMC8616122
  24. imPlatelet classifier: image-converted RNA biomarker profiles enable blood-based cancer diagnostics
    Pastuszak K, Supernat A, Best MG, In ‘t Veld SGJG, Łapińska-Szumczyk S, Łojkowska A, Różański R, Żaczek AJ, Jassem J, Würdinger T, Stokowy T. Mol Oncol. 2021 Oct;15(10):2688-2701. doi: 10.1002/1878-0261.13014. Epub 2021 Jun 20. PMID: 34013585; PMCID: PMC8486571
  25. Modelling of dark fermentation of glucose and sour cabbage
    Sołowski G, Pastuszak K. Heliyon. 2021 Jul 31;7(8):e07690. doi: 10.1016/j.heliyon.2021.e07690. PMID: 34401576; PMCID: PMC8350504
  26. Transcriptomic landscape of blood platelets in healthy donors
    Supernat A, Popęda M, Pastuszak K, Best MG, Grešner P, Veld SI’, Siek B, Bednarz-Knoll N, Rondina MT, Stokowy T, Wurdinger T, Jassem J, Żaczek AJ. Sci Rep. 2021 Aug 3;11(1):15679. doi: 10.1038/s41598-021-94003-z. PMID: 34344933; PMCID: PMC8333095
  27. Bortezomib induces methylation changes in neuroblastoma cells that appear to play a significant role in resistance development to this compound
    Łuczkowska K, Sokolowska KE, Taryma-Lesniak O, Pastuszak K, Supernat A, Bybjerg-Grauholm J, Hansen LL, Paczkowska E, Wojdacz TK, Machaliński B. Sci Rep. 2021 May 10;11(1):9846. doi: 10.1038/s41598-021-89128-0. PMID: 33972578; PMCID: PMC8110815
  28. Environmental exposure to persistent organic pollutants measured in breast milk of lactating women from an urban area in central Poland
    Grešner P, Zieliński M, Ligocka D, Polańska K, Wąsowicz W, Gromadzińska J. Environ Sci Pollut Res Int. 2021 Jan;28(4):4549-4557 doi: 10.1007/s11356-020-10767-3

 

Kontakt


dr hab. Anna Supernat

koordynator Centrum Analiz Biostatystycznych i Bioinformatycznych

Gdański Uniwersytet Medyczny

PrzeglÄ…darka - strona internetowa

ul. Dębinki 1

80-211 Gdańsk

Telefon - numer telefonu

58 349 90 46

 

Zespół

Portret dr hab. Anny Supernat, koordynatora Centralnego Biobanku GUMed

dr hab. Anna Supernat – koordynator

Absolwentka Międzyuczelnianego Wydziału Biotechnologii Uniwersytetu Gdańskiego i Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego. Pracę doktorską zrealizowała w Zakładzie Biologii Komórki GUMed, pod kierunkiem prof. Anny Żaczek. Przedmiotem jej zainteresowań jest podłoże molekularne nowotworów, szczególnie w zakresie płynnych biopsji analizowanych za pomocą sekwencjonowania wysokoprzepustowego. Autorka 19 publikacji w recenzowanych czasopismach, uczestniczka licznych konferencji międzynarodowych, ekspert Narodowego Centrum Badań i Rozwoju (NCBR), kierownik grantów przyznawanych przez Narodowe Centrum Nauki (NCN) i NCBR.

 

Portret dr. Kamila Myszczyńskiego, starszego specjalisty, bioinformatyka-specjalisty w Centralnym Biobanku GUMed

dr Kamil Myszczyński – starszy specjalista, bioinformatyk-specjalista

Absolwent Wydziału Biologii i Biotechnologii Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie. Specjalizuje się w analizie danych biologicznych pozyskanych z metod wysokoprzepustowych. Interesuje się rozwijaniem i wdrażaniem bioinformatycznych protokołów analiz, kierunkami rozwoju technik sekwencjonowania oraz rolą poszczególnych frakcji kwasów nukleinowych w organizmie. Współwykonawca kilkunastu projektów, które swoją tematyką obejmowały genomikę oraz transkryptomikę m.in. człowieka, ssaków, roślin, bakterii oraz grzybów. Autor lub współautor ponad 20 publikacji naukowych.

 

Portret mgr inż. Krzysztofa Pastuszaka, bioinformatyka-specjalisty i specjalisty ds. sztucznej inteligencji w Centralnym Biobanku GUMed

dr inż. Krzysztof Pastuszak – bioinformatyk-specjalista; specjalista ds. sztucznej inteligencji

Bioinformatyk, pasjonat płynnych biopsji w diagnostyce onkologicznej, szczególnie z wykorzystaniem sztucznej inteligencji. Ukończył z wyróżnieniem studia na kierunku Informatyka na Politechnice Gdańskiej. Doktorant i asystent w Zakładzie Algorytmów i Modelowania Systemów Politechniki Gdańskiej. Od 2019 roku współpracuje z Zakładem Onkologii Translacyjnej na Gdańskim Uniwersytecie Medycznym. Poza bioinformatyką interesuje się analizą algorytmów i zastosowaniami teorii grafów.

 

Portret mgr Małgorzaty Madej, specjalisty ds. wsparcia administracyjnego projektów w Centralnym Biobanku GUMed

mgr Małgorzata Madej – specjalista ds. wsparcia administracyjnego projektów

Absolwentka Wydziału Biologii Uniwersytetu Gdańskiego. Pasjonatka różnych metodologii zarządzania projektami, ukończyła studia podyplomowe na Wydziale Organizacji i Zarządzania Politechniki Łódzkiej. Posiada wieloletnie doświadczenie w prowadzeniu dokumentacji projektowej i w pracy administracyjnej. Praca w instytucie badawczym i szeroki zakres wiedzy zaowocowały opracowaniem i wdrożeniem metodyki zarządza projektami oraz przeszkoleniem osób odpowiedzialnych za prowadzenie dokumentacji projektowej. W międzynarodowej korporacji opracowała we współpracy oraz wdrożyła trójstronną platformę zarządzania usługami w sieci punktów sprzedaży.

 

Portret mgr Anny Koelmer, biostatystyka-specjalisty w Centralnym Biobanku GUMed

mgr Anna Koelmer – biostatystyk-specjalista

Absolwentka Matematyki na Politechnice Gdańskiej oraz Informatyki i Ekonometrii na Uniwersytecie Gdańskim. Zatrudnienie w Gdańskim Uniwersytecie Medycznym rozpoczęła od pracy w Bibliotece Głównej GUMed, gdzie zainteresowała się zagadnieniem otwartych danych w naukach medycznych. Członkini Zespołu ds. Otwartej Nauki w GUMed. Poza analizą danych jej zainteresowania obejmują metodologię badań naukowych oraz informację naukową.

 

Portret mgr Klaudii Mielczarek, specjalistki ds. analizy danych w Centralnym Biobanku GUMed

mgr Klaudia Mielczarek

Absolwentka Matematyki stosowanej na Politechnice Gdańskiej oraz Analizy danych – big data w Szkole Głównej Handlowej w Warszawie. Pracę magisterską poświęciła na zbadanie śmiertelności kobiet ze zdiagnozowanym nowotworem piersi. Zakres jej zainteresowań naukowych obejmuje wykorzystanie danych do rozwiązywania rzeczywistych problemów – od eksploracji, przez wizualizację, aż po modele predykcyjne.

Centrum Medycyny Translacyjnej

Budynek nr 1 Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego przy ul. Dębinki 7 w Gdańsku, widziany z lotu ptaka

Centrum Medycyny Translacyjnej

O NAS

Centrum Medycyny Translacyjnej (CMT) to core facility, które zostało powołane w 2019 roku, celem realizacji transdyscyplinarnych projektów, w których ocena struktury i funkcji układu krążenia może mieć znaczenie poznawcze i kliniczne. Badania prowadzone w naszym ośrodku obejmują standardowe i innowacyjne metody oceny układu krążenia na każdym jego poziomie tj. począwszy od echokardiograficznego obrazowania serca, poprzez ocenę funkcji dużych naczyń (propagacja fali tętna w obrębie aorty, rozszerzalność tętnic domózgowych), do funkcjonalnej i strukturalnej oceny mikrokrążenia. To właśnie na mikrokrążeniu ogniskują się ostatnie światowe trendy badawcze szeregu schorzeń układu krążenia, chorób spoza kręgu medycyny kardiometabolicznej oraz badania oceniające bezpieczeństwo działania leków i nutraceutyków.

 

NASZA MISJA

Kompleksowe badania regulacji układu krążenia i patofizjologii chorób wykraczają poza ocenę struktur docelowych tj. serca i naczyń. Mając ten fakt na uwadze, Centrum oferuje także możliwość oceny autonomicznej nerwowej kontroli zarówno oddechu jak i krążenia, a zatem dwóch nierozerwalnych układów dzielących wspólne mechanizmy regulacyjne. Dobór metod badawczych dostępnych w Centrum Medycyny Translacyjnej został poprzedzony licznymi konsultacjami z ekspertami poszczególnych dziedzin z naszej Uczelni, a także ekspertami spoza GUMed. Konsultacje miały na celu opracowanie optymalnego modelu pozyskania kompleksowego fenotypu sercowo-naczyniowego dalece wykraczającego poza standardową ocenę kliniczną. Dane pozyskane w naszym core-facility nie tylko umożliwią realizację priorytetów badawczych opisanych we wniosku IDUB naszej Uczelni, ale także wykreślą nowy standard całościowej oceny serca i naczyń w relacji do uszkodzenia narządowego.

Celem utrzymania najwyższych standardów badawczych, dbamy także o upowszechnianie wyników testów odtwarzalności i powtarzalności pozyskiwanych danych. Zabieg ten jest nieodzowny w przypadku zastosowania technik oceniających układ krążenia opierających się na doświadczeniu i kompetencjach badaczy (np. subiektywne analizy obrazów sonograficznych).

 

WSPÓŁPRACA NAUKOWA (CMT)

Grafika przedstawiająca współpracę naukową Centrum Medycyny Translacyjnej GUMed

NASZ ZESPÓŁ (CMT)

  • prof. dr hab. med. Krzysztof Narkiewicz, Przewodniczący Rady Naukowej CMT
  • dr hab. med. Jacek Wolf, Koordynator CMT
  • prof. dr hab. med. Marcin Hellmann
  • dr n. med. Magdalena Dzitkowska
  • dr n. med. Edyta Kowalczys-Dąbrowska
  • dr n. med. Natasza Malinowska
  • dr Magdalena Chmara
  • piel. dypl. Wiesława Kucharska
  • mł. spec. Dalia Trzonek
  • mł. spec. Sonia Trawińska
  • mł. spec. Aleksandra Michnowska

 

Zespół Centrum Medycyny Translacyjnej GUMed

NASZE PUBLIKACJE

  1. Unilateral Carotid Body Resection in Resistant Hypertension: A Safety and Feasibility Trial.
    Narkiewicz K, Ratcliffe LE, Hart EC, Briant LJ, Chrostowska M, Wolf J, Szyndler A, Hering D, Abdala AP, Manghat N, Burchell AE, Durant C, Lobo MD, Sobotka PA, Patel NK, Leiter JC, Engelman ZJ, Nightingale AK, Paton JF. JACC Basic Transl Sci. 2016 Aug 29;1(5):313-324
  2. Effect of beta-blocker therapy on heart rate response in patients with hypertension and newly diagnosed untreated obstructive sleep apnea syndrome.
    Wolf J, Drozdowski J, Czechowicz K, Winklewski PJ, Jassem E, Kara T, Somers VK, Narkiewicz K. Int J Cardiol. 2016 Jan 1;202:67-72.
  3. Pial artery and subarachnoid width response to apnoea in normal humans.
    Wszedybyl-Winklewska M, Wolf J, Swierblewska E, Kunicka K, Gruszecki M, Guminski W, Winklewski PJ, Frydrychowski AF, Bieniaszewski L, Narkiewicz K.J Hypertens. 2015 Sep;33(9):1811-7;
  4. Lumen narrowing and increased wall to lumen ratio of retinal microcirculation are valuable biomarkers of hypertension-mediated cardiac damage.
    Dąbrowska E, Harazny JM, Miszkowska-Nagórna E, Stefański A, Graff B, Kunicka K, Świerblewska E, Rojek A, Szyndler A, Wolf J, Gruchała M, Schmieder RE, Narkiewicz K.Blood Press. 2019 Sep 5:1-10
  5. Aortic stiffness is not only associated with structural but also functional parameters of retinal microcirculation.
    Dąbrowska E, Harazny JM, Miszkowska-Nagórna E, Stefański A, Graff B, Kunicka K, Świerblewska E, Rojek A, Szyndler A, Gąsecki D, Wolf J, Gruchała M, Laurent S, Schmieder RE, Narkiewicz K.Microvasc Res. 2020 May;129:103974
  6. Current understanding of the effects of inspiratory resistance on the interactions between systemic blood pressure, cerebral perfusion, intracranial pressure, and cerebrospinal fluid dynamics.
    Winklewski PJ, Wolf J, Gruszecki M, Wszedybyl-Winklewska M, Narkiewicz K.J Appl Physiol (1985). 2019 Nov 1;127(5):1206-1214
  7. The phenomenon of HbA1c stability and the risk of hypoglycemia in long-standing type 1 diabetes.
    Wolnik B, Orłowska-Kunikowska E, Błaszkowska M, Graff B, Wolf J, Czupryniak L, Narkiewicz K.Diabetes Res Clin Pract. 2019 Jun;152:96-102
  8. Prevalence and distribution of left ventricular diastolic dysfunction in treated patients with long-lasting hypertension.
    Świerblewska E, Wolf J, Kunicka K, Graff B, Polonis K, Hoffmann M, Chrostowska M, Szyndler A, Bandosz P, Graff B, Narkiewicz K.Blood Press. 2018 Dec;27(6):376-384.
  9. Impact of orthostatic hypotension and antihypertensive drug treatment on total and cardiovascular mortality in a very elderly community-dwelling population.
    Szyndler A, Dereziński T, Wolf J, Narkiewicz K.J Hypertens. 2019 Feb;37(2):331-338
  10. A multilocus genetic risk score is associated with arterial stiffness in hypertensive patients: the CARE NORTH study.
    Polonis K, Hoffmann M, Szyndler A, Wolf J, Nowak R, Becari C, Laurent S, Boutouyrie P, Melander O, Narkiewicz K.J Hypertens. 2018 Sep;36(9):1882-1888
  11. Central sympathetic nervous system reinforcement in obstructive sleep apnoea.
    Wszedy’byl-Winklewska M, Wolf J, Szarmach A, Winklewski PJ, Szurowska E, Narkiewicz K.
  12. Left ventricular ejection fraction and aortic stiffness are independent predictors of neurological outcome in acute ischemic stroke.
    Rojek A, Gąsecki D, Fijałkowski M, Kowalczyk K, Kwarciany M, Wolf J, Nyka W, Boutouyrie P, Laurent S, Narkiewicz K.J Hypertens. 2016 Dec;34(12):2441-2448

PROFIL BADAWCZY

W naszym armamentarium badawczym dysponujemy standardowymi metodami stosowanymi w medycynie klinicznej oraz unikatowymi w skali kraju i świata metodami specjalistycznymi ujętymi w poniższym zestawieniu:

  1. Ocena ciśnienia wartości tętniczego:
    • pośredni pomiar ciśnienia tętniczego krwi metodą oscylometryczną (sfigmomanometr Omron M3, Omron Intellisense 7), (STANDARD);
    • ciągły nieinwazyjny pomiar ciśnienia tętniczego Finometr ®;
    • 24-godzinny ambulatoryjny pośredni pomiar ciśnienia tętniczego krwi SpaceLabs 90207 – ocena średniego ciśnienia tętniczego, ocena ciśnienia tętna, ocena zmienności ciśnienia w tym ocena profilu dobowego ciśnienia tętniczego, (STANDARD).
  2. 12-odprowadzeniowe EKG, Multicard E 300 z zapisem cyfrowym, (STANDARD).
  3. 24-godzinna ambulatoryjna rejestracja EKG (Holter), (STANDARD).
  4. Analiza zmienności częstości akcji serca („heart rate variability” – HRV) oraz wrażliwości baroreceptorów tętniczych („baroreceptor reflex sensitivity”-BRS) w 15 minutowych zapisach (Finometr, PowerLab).
  5. Przezklatkowe badanie echokardiograficzne (GE VIVID 93) zebranie obrazów i danych w podstawowych projekcjach echokardiograficznych 2D, M-mode oraz zapisu pętli TDI do oceny strain effect za pomocą pakietu ECHOPAC, speqle programme, (AKWIZYCJA DANYCH – STANDARD; ANALIZA DANYCH: ROZSZERZONY STANDARD m.in.analiza odkształceń).
  6. Nieinwazyjna tonometryczna ocena podatności naczyń tętniczych, analiza prędkości fali tętna (w odcinku szyjno-udowym) oraz nieinwazyjna ocena ciśnienia centralnego – System SphygmoCor XCEL, (ROZSZERZONY STANDARD); XCEL jest nieinwazyjnym narzędziem służącym do klinicznej oceny ciśnienia centralnego. Krzywa ciśnienia centralnego w aorcie otrzymywana jest na podstawie pulsacji zarejestrowanej nieinwazyjnie nad tętnicą ramienną za pomocą mankietu naramiennego do mierzenia ciśnienia tętniczego. Analiza otrzymanej krzywej pozwala na wyliczenie kluczowych parametrów jak skurczowe centralne ciśnienie tętnicze , centralne ciśnie tętna, oraz parametry oceniające sztywność naczyniową jak ciśnienie wzmocnienia oraz wskaźnik wzmocnienia (AIx). System SphygmoCor XCEL dokonuje również pomiaru szybkości propagacji fali tętna (ciśnienia tętniczego) w aorcie od aorty wstępującej do tętnicy udowej. Szybkość propagacji fali tętna oceniana jest na podstawie tętna mierzonego nieinwazyjnie, jednocześnie nad tętnicą szyjną i udową. Badanie wykonywane jest w pozycji leżącej za pomocą tonometru, specjalnego urządzenia przypominającego długopis, przykładanego w okolicy tętnicy szyjnej oraz mankietu do pomiaru ciśnienia tętniczego zakładanego wokół uda na tętnicy udowej i służących do oceny odkształcania się naczyń tętniczych. Pomiar odległości pomiędzy miejscami rejestracji fali tętna umożliwia systemowi wyliczenie prędkości przemieszczania się fali tętna.
  7. Nieinwazyjne badanie mikrokrążenia siatkówkowego przy użyciu skaningowego laserowego przepływomierza dopplerowskiego z zastosowaniem metody AFFPIA (automatic full-field perfusion imaging analysis), który pozwala na precyzyjną ocenę naczyń siatkówki, w szczególności: struktury tętnic siatkówki, cech remodelingu na podstawie analizy średnicy zewnętrznej i wewnętrznej naczynia, oceny stosunku ściana/światło naczynia, grubości ściany oraz pola przekroju poprzecznego ściany (objętości ściany naczyniowej na jednostkę długości) tętnic siatkówki.
  8. Nieinwazyjne badanie mikrokrążenia skórnego przy użyciu aparatu AngioTester (SN-2016-009M, Angionica, Łódź, Polska), którego istota polega na ocenie zależnej od przepływu fluorescencji skórnej (ang. flow mediated skin fluorescence, FMSF). Istotą FMSF jest monitorowanie fluorescencji dinukleotydu nikotynoamido-adeninowego (dihydronicotinamide adenine dinucleotide, NADH), którego zawartość zmienia się wtórnie do okluzji tętnicy ramiennej (3 minutowa okluzja za pomocą mankietu do pomiaru ciśnienia tętniczego na ramieniu). Technika FMSF pozwala ocenić funkcję mikrokrążenia w okresie pookluzyjnym, jak również umożliwia obserwację procesów biochemicznych zachodzących w badanej tkance w czasie kontrolowanego niedokrwienia. Technika FMSF pozwala na analizę wielu parametrów krzywej fluorescencji NADH, z których najistotniejszymi są (1) odpowiedź ischemiczna (IRmax, ischemic response) i (2) odpowiedź hyperemiczna (HRmax, hyperemic response). IRmax to procentowy wzrost fluorescencji NADH w stosunku do linii bazowej rejestrowany podczas okluzji naczynia.
  9. Nieinwazyjna ocena mikrokrążenia skórnego w oparciu o analizę kontrastu obrazu spekli laserowych (LSCI, laser speckle contrast imaging). LSCI jest techniką badawczą, która umożliwia nieinwazyjne, bezkontaktowe monitorowanie w czasie rzeczywistym zmian perfuzji mikrokrokrążenia. LSCI cechuje się doskonałą powtarzalnością pomiarów, jak również bardzo dobrą rozdzielczością czasową i przestrzenną. Technika LSCI pozwala na analizę zmian krzywej perfuzji, w tym szczegółową analizę odpowiedzi na bodźce; tutaj test PORH (post-occlusive reactive hyperemia; trzyminutowa okluzja tętnicy ramiennej za pomocą mankietu do pośredniego pomiaru ciśnienia tętniczego – test wykonywany jednoczasowo z próbą FMSF opisaną w punkcie nr 11). Podczas testu PORH najistotniejszymi są procentowy wzrost przepływu w mikrokrążeniu rejestrowany po okluzji naczynia w stosunku do przepływu spoczynkowego (%BL), czas do szczytu przepływu (time to peak), pole pod krzywą dla całego czasu trwania reakcji przekrwienia (AUC). Test PORH pozwala na ocenę potencjału wazodylatacyjnego mikrokrążenia m.in. zależnego od śródbłonka.
  10. Pośrednia ocena mikrokrążenia mózgowego na podstawie pomiaru tętnienia naczyń podpajęczynówkowych (cc-TQ) przy pomocy nieinwazyjnej metody transluminacji w bliskiej podczerwieni z rozpraszaniem zwrotnym (NIR-T/BSS – Near InfraRed Transillumination – Back Scattering Sounding); badanie NIR-T/BSS prowadzone są w GUMed od kilkunastu lat, m.in. w Zakładzie Fizjologii Człowieka WNoZ oraz Klinice Nadciśnienia Tętniczego i Diabetologii, WL.
  11. Nieinwazyjna ultrasonograficzna ocena funkcji (rozszerzalność) i morfologii tętnicy szyjnej wspólnej (multiarray-tracking, ArtLab system, Esaote), (ROZSZERZONY STANDARD).
  12. 12. Nieinwazyjna ultrasonograficzna ocena przepływu krwi w obrębie naczyń mózgowych na podstawie pomiaru zmian szybkości przepływu krwi (skurczowej, rozkurczowej i średniej), wskaźnika oporowości i pulsacyjności, czasu akceleracji tętnicy środkowej mózgu z zastosowaniem efektu Dopplera (Transcranial Doppler; TCD), (STANDARD).
  13. Nieinwazyjna ocena struktur naczyń i czopków ocenianych kamerą siatkówkową z zastosowaniem optyki adaptywnej (Rtx-1e); technika pozyskiwania obrazów z wykorzystaniem systemu pływających luster umożliwia unikatową rozdzielczość oraz powtarzalność / odtwarzalność ponownej oceny tych samych okolic anatomicznych tylnego bieguna oka. Ponadto, Rtx-1e umożliwia ilościową ocenę gęstości czopków wybranych regionów plamki żółtej.
  14. Aktygrafia – pomiar aktywności ruchowej z zastosowaniem aparatu ActiWatch 2 i MotionWatch 8. Rejestracja aktygraficzna jest nieinwazyjną metodą wykorzystywaną w diagnostyce zaburzeń rytmu snu i czuwania, bezsenności, hypersomnii, bezdechu sennym, i in. Metoda w swojej uproszczonej wersji została masowo upowszechniona w codziennym użyciu (praktycznie każdy smartphone ma wbudowany akcelerator i umożliwia chociażby oszacowanie dziennej liczby kroków / przebytych dystansów; a z zastosowaniem aplikacji instalowanych w telefonie także oszacowanie półilościowe i jakościowe snu), (STANDARD).
  15. Nieinwazyjne, ambulatoryjne badanie poligraficzne (standard kliniczny w ocenie oddechu w czasie snu). Badanie polega na nieinwazyjnej rejestracji ruchów oddechowych za pomocą elastycznych pasów zakładanych na klatkę piersiową i brzuch: indukcyjnego lub z zastosowaniem pasa z czujnikiem piezoelektrycznym, pomiaru pulsoksymetrycznego oraz pomiaru przepływu powietrza przez nos za pomocą kaniuli oddechowej i pozycji ciała w trakcie rejestracji. Badanie trwa całą noc, (STANDARD).

 

Kontakt


Prof. dr hab. med. Krzysztof Narkiewicz

Przewodniczący Rady Naukowej CMT

Centrum Medycyny Translacyjnej, GUMed

Telefon - numer telefonu

58 349 2813

Dr hab. Jacek Wolf 

Koordynator CMT
 

Centrum Medycyny Translacyjnej, GUMed

Telefon - numer telefonu

58 349 2813

Dr Magdalena Dzitkowska

Centrum Medycyny Translacyjnej, GUMed

Telefon - numer telefonu

58 349 2813

fot. Paweł Sudara/GUMed

Centrum Chorób Mózgu

Budynek nr 1 Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego przy ul. Dębinki 7 w Gdańsku, widziany z lotu ptaka

Centrum Chorób Mózgu GUMed

O NAS

Centrum Chorób Mózgu Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego to kolejna ogólnouczelniana jednostka na mapie inicjatyw wspieranych w ramach programu Inicjatywa Doskonałości – Uczelnia Badawcza. Zostało utworzone z myślą o optymalnym wykorzystaniu potencjału naukowo-badawczego GUMed w zakresie neuronauki (neuroscience).

W Centrum realizowane są projekty translacyjne – from bench to bedsite, które rokują na docelowe wykorzystanie rozwiązań diagnostycznych lub terapeutycznych opracowywanych na modelach eksperymentalnych chorób mózgu w standardowej praktyce klinicznej. Centrum powstało, aby stworzyć optymalne warunki dla współpracy różnych jednostek (zarówno tych uczelnianych, jak i spoza GUMed) zaangażowanych w tego rodzaju przedsięwzięcia naukowe.

NASZ POTENCJAŁ I ZAKRES USŁUG

Centrum prowadzi działania o charakterze horyzontalnym koordynując aktywności badawcze jednostek GUMed oraz jednostek pozauczelnianych z obszaru nauk podstawowych (laboratoriów, instytutów badawczych, centrów badawczo-rozwojowych) prowadzących działalność w obszarze neuronauki z aktywnościami jednostek klinicznych.

Wykorzystując potencjał współpracy Centrum chce zwiększyć efektywność pozyskiwania środków z publicznych krajowych oraz międzynarodowych źródeł finansowania oraz skuteczniej pozyskiwać partnerów biznesowych do realizacji projektów badawczo-rozwojowych.

O ZESPOLE

Za funkcjonowanie jednostki, w tym kompozycję i merytoryczny przebieg prac naukowych, odpowiada powołany przez Rektora GUMed kierownik badań (research director), a nadzór nad nią sprawuje Rada Naukowa. Jej skład ma charakter procesowy i jest zmienny: tworzą go kierownicy jednostek GUMed zaangażowanych w realizację bieżących projektów prowadzonych przez Centrum oraz główni badacze tych projektów, przy czym na wniosek Kierownika Centrum możliwe jest również włączenie do Rady innych doświadczonych badaczy. Zważywszy na specyfikę Centrum – większość prac badawczych będzie miała charakter przedkliniczny – regulaminowo rekomendowanym Przewodniczącym Rady jest szef Priorytetowego Obszaru Badawczego 3 (Biochemia, genetyka i biologia molekularna).

Portret prof. Bartosz Karaszewski, kierownik Katedry Neurologii i Kliniki Neurologii Dorosłych

– Centrum Chorób Mózgu dedykowane jest projektom translacyjnym. Ma wykorzystywać narzędzia badawcze obszaru medycznych nauk fundamentalnych, ale zawsze na potrzeby, jakie dyktuje współczesna praktyka kliniczna. Centrum to miejsce dla badań wymagających interdyscyplinarności perpendykularnej i/lub horyzontalnej, nie będzie ono na przykład miejscem właściwym do prowadzenia projektów o charakterze stricte klinicznym, badań drugiej, czy trzeciej fazy. Do ich realizacji nie potrzeba zazwyczaj struktury wielodziedzinowej – tu całość nierzadko przeprowadzona może być w całości w warunkach jednostki klinicznej Uczelni i Szpitala, i z wykorzystaniem diagnostyki szpitalnej.

prof. Bartosz Karaszewski, kierownik Katedry Neurologii i Kliniki Neurologii Dorosłych, twórca idei i kierownik badań w CChM

OFERTA

Centrum Chorób Mózgu świadczy usługi dla podmiotów zewnętrznych. Jednostka będzie wykonywać analizy zgodnie z indywidualnymi zleceniami z dostosowaniem do konkretnych potrzeb kontrahentów. Koszt usługi wyceniany jest indywidualnie.

Kontakt


Sekretariat Centrum Chorób Mózgu GUMed

Odwiedź naszą stronę internetową – kliknij logo obok

 

 

Przejdź na stronę interntową Centrum Chorób Mózgu GUMed

fot. Paweł Sudara/GUMed

Centrum Bioanalityczne

 Laboratorium Bioanalityczne banner

Laboratorium Bioanalityczne

KIM JESTEŚMY


W ramach Programu Inicjatywa Doskonałości – Uczelnia Badawcza w Gdańskim Uniwersytecie Medycznym powstało core facility – Laboratorium Bioanalityczne, którego głównym celem jest współpraca z zespołami badawczymi GUMed i UCK poprzez wsparcie procesu badań naukowych i badań klinicznych w zakresie analityki i bioanalityki, szczególnie w kontekście Priorytetowych Obszarów Badawczych (onkologia, kardiologia i medycyna sercowo-naczyniowa oraz biochemia, genetyka i biologia molekularna). Centrum zatrudnia specjalistów analityków i bioanalityków, których praca wzmacnia interdyscyplinarność prac naukowo-badawczych, rozwojowych i wdrożeniowych prowadzonych w GUMed oraz umożliwia realizację powyższych projektów jednostkom zewnętrznym.

Core facility oferuje zintegrowane portfolio usług analitycznych i bioanalitycznych z certyfikatem Dobrej Praktyki Laboratoryjnej (GLP) na wszystkich etapach procesu opracowywania leku – od badań przedklinicznych (ADME), poprzez biorównoważność (BE) i farmakokinetykę (PK) do badań klinicznych (m.in. obliczenia statystyczne), aż po wsparcie rejestracji leków. Do profilu działalności będą się przede wszystkim zaliczały: jakościowe i ilościowe oznaczenia związków i ich metabolitów w próbkach biologicznych pochodzenia ludzkiego lub zwierzęcego, takich jak: osocze, surowica, krew pełna, mocz, ślina, kał, tkanki itp.

Badaczka pracująca z aparaturą do chromatografii i spektrometrii mas w Laboratorium Bioanalitycznym

Laboratorium Bioanalityczne od 12 października 2021 r. posiada certyfikat Dobrej Praktyki Laboratoryjnej (DPL) w zakresie badań bioanalitycznych, farmakokinetycznych oraz chemicznych. Jest on potwierdzeniem wysokiego poziomu jakości i wiarygodności badań przeprowadzanych w Laboratorium. Dzięki temu uzyskane w Laboratorium wyniki analiz są uznawane na całym świecie przez wszelkie urzędy i instytucje, takie jak Europejska Agencja Leków (EMA) oraz Agencja Żywności i Leków (FDA).

ZAKRES USŁUG

Ogólny zarys świadczonych usług

Laboratorium Bioanalityczne, oprócz bezpośredniego udziału w realizacji powierzonych badań, oferuje pracownikom i doktorantom GUMed oraz jednostkom zewnętrznym możliwość przedyskutowania optymalnego podejścia do projektu pod kątem odpowiednich założeń farmakokinetycznych, niezbędnych analiz, czy doboru odpowiednich metod analitycznych.

Analizy małych cząsteczek (do 1000 Da) wykonywane są głównie z wykorzystaniem wysokosprawnej chromatografii cieczowej sprzężonej z tandemową spektrometrią mas (LC-MS / MS).

Do analizy biomolekuł (peptydów, białek, przeciwciał monoklonalnych) w głównej mierze wykorzystywane są testy immunoenzymatyczne (ELISA z ang. enzyme-linked immunosorbent assay).

Szczegółowy opis świadczonych usług

  • Konsultacje dotyczące projektu badania klinicznego, w tym analizy farmakokinetyki, biodostępności i biorównoważności
  • Opracowanie i walidacja metod bioanalitycznych oznaczania leku i / lub jego metabolitu / -ów w matrycy biologicznej zgodnie z wytycznymi EMA / FDA, zakończone raportem walidacyjnym
  • Przeniesienie lub walidacja krzyżowa metod bioanalitycznych, opracowanych poza laboratorium
  • Przygotowanie próbki (w tym obróbka wstępna po pobraniu próbki, jeśli to konieczne)
  • Analiza próbek, zakończona odpowiednim raportem analitycznym
  • Konsultacje merytoryczne prowadzące do wykonania analizy parametrów farmakokinetycznych (dla wszystkich dróg podania, niezależnie od schematu dawkowania), w tym specjalistyczne obliczenia statystyczne (WinNonlin) – także we współpracy z Centrum Analiz Biostatystycznych i Bioinformatycznych oraz ekspertami wspierającymi
  • Konsultacje merytoryczne prowadzące do przygotowania raportu końcowego zawierającego części: analityczną, farmakokinetyczną i statystyczną (format CTD, moduł 5)


W Laboratorium Bioanalitycznym, poza wymienionymi obszarami współpracy, badania mogą być realizowane według indywidualnych projektów oraz pomysłów osoby zlecającej, zarówno w ramach działalności usługowej, jak i współuczestnictwa w projekcie naukowo-badawczym.

Certyfikat Dobrej Praktyki Laboratoryjnej (DPL/GLP)

Laboratorium Bioanalityczne GUMed posiada Certyfikat Dobrej Praktyki Laboratoryjnej (ang. Good Laboratory Practice), potwierdzający spełnienie zasad DPL w zakresie badań bioanalitycznych, farmakokinetycznych oraz chemicznych.

Certyfikat DPL jest gwarancją wysokiego poziomu jakości i wiarygodności prowadzonych badań, uprawnia Laboratorium do wykonywania oznaczeń stężenia leków w materiale biologicznym pochodzącym z badań przedklinicznych i klinicznych, które to analizy, muszą być prowadzone w standardzie DPL.

Zespół Laboratorium Bioanalitycznego GUMed – zdjęcie grupowe pracowników i kierowników laboratorium
Zespół Laboratorium Bioanalitycznego GUMed, od lewej: mgr inż. Paweł Olszewski, dr Bartłomiej Łukasz, dr inż. Agata Mechlińska, mgr Katarzyna Smug, prof. Ryszard Tomasz Smoleński

fot. Paweł Sudara/GUMed

Zespół

 

Portret prof. Ryszarda Tomasza Smoleńskiego, kierownika Katedry i Zakładu Biochemii GUMed

prof. dr hab. Ryszard Tomasz Smoleński

  • od 1980 roku związany z Gdańskim Uniwersytetem Medycznym, obecnie Kierownik Katedry i Zakładu Biochemii
  • ponad 30-letnie doświadczenie zdobyte w kraju i za granicą w badaniach dotyczących metabolizmu nukleotydów i przemian energetycznych w sercu
  • zaangażowany w rozwój nowych terapii oraz w badania z zastosowaniem genetycznych modeli chorób człowieka
  • zaangażowany w rozwój nowych metod analitycznych w oparciu o technikę LC/MS-MS
  • udział w klinicznych badaniach mechanizmów chorób oraz identyfikacji nowych biomarkerów.

 

Portret Pawła Olszewskiego, koordynatora Laboratorium Bioanalitycznego GUMed

mgr inż. Paweł Olszewski – specjalista ds. zarządzania laboratorium

  • od 2011 roku – zarządzanie laboratorium analitycznym, certyfikowanym GLP/GMP, świadczącym usługi bioanalityczne na potrzeby badań przedklinicznych i klinicznych (biorównoważności, badań faz I-IV) oraz usługi analityczne dla przemysłu farmaceutycznego
  • od 2003 roku – nierozerwalnie związany z przemysłem farmaceutycznym, biotechnologią i badaniami klinicznymi

 

Portret prof. Michała Markuszewskiego, kierownika Zakładu Biofarmacji i Farmakokinetyki GUMed

prof. dr hab. Michał Markuszewski

  • od 1990 roku związany z Gdańskim Uniwersytetem Medycznym, obecnie Kierownik Zakładu Biofarmacji i Farmakokinetyki
  • ponad 20-letnie doświadczenie zdobyte w kraju i za granicą w dziedzinie analiz farmaceutycznych, chemii leków, farmakokinetyki i biofarmacji oraz w ekspertyzach toksykologicznych
  • zaangażowany w rozwój nowych metod analitycznych w oparciu o technikę LC-MS i GC-MS
  • planowanie i udział w badaniach dotyczących niecelowanych analiz jakościowych techniką tzw. fingerprinting/footprinting w zróżnicowanym materiale biologicznym: płyny biologiczne np. osocze krwi, mocz; tkanki np. guzy nowotworowe; hodowle komórkowe, etc., a także analizach celowanych wyselekcjonowanych związków np. kwasach tłuszczowych

     

Portret Agaty Mechlińskiej, specjalistki ds. zarządzania jakością w Laboratorium Bioanalitycznym GUMed

dr inż. Agata Mechlińska – specjalista ds. zarządzania jakością

  • od 2012 roku – praca z systemami zapewniania jakości (GMP, ISO-17025, GLP): koordynowanie i współuczestnictwo w procesach jakościowych (działania wyjaśniające, działania korygująco-zapobiegawcze, kontrola zmian, odchylenia, skargi, audyty); opracowywanie, sprawdzanie, wdrażanie, aktualizacja i nadzór na Standardowymi Procedurami Operacyjnymi (SOP)
  • doświadczenie w planowaniu badań bioanalitycznych i analitycznych, kontrolowaniu części eksperymentalnej badań, zarządzaniu danymi, zapewnianiu spójności dokumentów i zapisów z wymaganiami GLP/GMP oraz regulacjami prawnymi (EMA/FDA/ICH)

     

Portret Katarzyny Smug, specjalistki ds. analityki w Laboratorium Bioanalitycznym GUMed

mgr Katarzyna Smug – specjalista ds. analityki

  • od 2008 roku – praca związana z analizą chemiczną leków z wykorzystaniem wysokosprawnej chromatografii cieczowej (HPLC) oraz chromatografii cieczowej sprzężonej z tandemową spektrometrią mas (LC-MS/MS) w certyfikowanym laboratorium, a w szczególności: opracowywanie i walidacja metod analitycznych, transfer metod oraz ich optymalizacja, ekstrakcja próbek z użyciem różnych technik (PP, LLE, SPE itp.), opracowywanie i tworzenie procedur badawczych oraz instrukcji, rozwiazywanie problemów sprzętowych, udział w badaniach biegłości i porównaniach międzylaboratoryjnych (z wynikiem pozytywnym)
  • półroczne doświadczenie w certyfikowanym laboratorium zagranicznym: wykonywanie analiz środowiskowych (gleba, woda, paliwa) metodą tandemowej spektometrii mas (LC-MS/MS) oraz metodą absorpcyjnej spektrometrii emisyjnej ICP-OES, nadzór nad personelem badawczym, udział w walidacjach metod

 

Portret dr inż. Katarzyny Owczarek, specjalistki ds. analityki w Laboratorium Bioanalitycznym GUMed

dr inż. Katarzyna Owczarek – specjalista ds. analityki

  • od 2019 roku – praca w laboratoriach analitycznych działających w systemach GMP i GLP w sektorze farmaceutycznym. Doświadczenie w szczególności w pracy z techniką tandemowej spektrometrii mas sprzężonej z chromatografią gazową i wysokosprawną chromatografią cieczową oraz prowadzenie badań skupionych na analizie śladów, merytoryczny nadzór nad projektem badawczo-rozwojowym, opracowywanie, walidacja i transfer metod analitycznych
  • staż na Uniwersytecie Monash w Melbourne, obejmujący udział w projekcie opartym na wykorzystaniu techniki LC-MS/MS do oznaczania bioaktywnych związków fenolowych w żywności
  • od 2013 roku – udział w wielu projektach naukowych i badawczo-rozwojowych podejmowany w ramach realizacji pracy doktorskiej, która obejmowała wykorzystanie biotestów, rozwój nowoczesnych metod analitycznych oraz zminiaturyzowanych technik przygotowania próbek do analizy, służących do oznaczania śladowych ilości ksenoestrogenów w różnego rodzaju matrycach biologicznych

Kontakt


Laboratorium Bioanalityczne w Katedrze i Zakładzie Biochemii

Paweł Olszewski

Koordynator Labolatorum

Telefon - numer telefonu

58 349 14 60

Telefon - numer telefonu

58 349 14 60

 

Nauka to ludzie

Nauka to ludzie

Logo Nauka to ludzie

O projekcie

Celem projektu jest popularyzacja znaczących osiągnięć naukowych pracowników Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego, a także ich wpływu na rozwój nowoczesnych narzędzi medycyny i jakość życia pacjentów. Każdego miesiąca będziemy prezentować sylwetkę kolejnego badacza/badaczki oraz jego/jej zainteresowania naukowe i ostatnie dokonania naukowe. Wierzymy, że nasze przedsięwzięcie, obok wymiaru popularyzatorskiego, przyczyni się do upowszechnienia dobrych praktyk w zakresie budowania doskonałości naukowej.